国际微生物规格委员会（ICMSF）一直强调根据食品风险等级采用不同级别的采样方案，这一方法在食品微生物检测与判断中得到了广泛应用。
我国《速冻面米制品》(GB19295-2011)首次引入了国际食品微生物标准委员会（ICMSF）的二级和三级采样方案，为我国食品安全标准的制定奠定了基础。随后，食品中致病菌限量标准（GB29921）的发布，标志着采样方案在我国微生物检测领域的全面推广。
二、采样方案的制定原理
ICMSF提出的采样基本原则为：
一是根据各种微生物对人体的危害程度来确定采样方案。
二是食品经不同条件处理后，其危害度变化情况来确定采样方案。
二级和三级采样方案中，用四个代号来表示其意义：
n：为同一批次食品应采集的样品件数。
c：为最大可允许超出m值的样品数。
m：为该细菌指标可接受水平的限量值。
M：为该细菌指标的最高安全限量值。它表示最边缘的可接受细菌数与边缘的不可接受细菌数之间的界限。
采样方法是从统计学原理来考虑，将检验指标对食品卫生的重要程度分成一般、中等、和严重3档。
I类危害，老人和婴幼儿食品及在食用前可能会增加危害的食品；
II类危害，立即食用的食品，在食用前危害基本不变；
III类危害，食用前经加热处理，危害减小的食品。
根据以上危害度的分类，又将采样方案分成二级法和三级法。
设有微生物标准m及M值两个限量如同二级法，超过m值的检样，即算为不合格品。其中以m值到M值的范围内的检样数，作为c值，如果在此范围内，即为附加条件合格，超过M值者，则为不合格。
例如：冷冻生虾的细菌数标准n=5，c=3，m=10，M=102，其意义是从一批产品中，取5个检样，经检样结果，允许≤3个检样的菌数是在m--M值之间，如果有3个以上检样的菌数是在m--M值之间或一个检样菌数超过M值者，则判定该批产品为不合格品。
n：系指一批产品采样个数。
c：系指该批产品的检样菌数中，超过限量的检样数，即结果超过合格菌数限量的最大允许数。
m：系指合格菌数限量，将可接受与不可接受的数量区别开。
M：系指附加条件，判定为合格的菌数限量，表示边缘的可接受数与边缘的不可接受数之间的界限。
四、采样方案设定要考虑的因素
在制定、选择抽样方案之前，我们必须考虑诸多因素，包括：检验目的、食品及被抽样品的性质、分析方法等等。以确保我们制定的方案能够有效评估食品的质量与安全性。
评估食品的污染情况及其品质，如菌落总数、霉菌和酵母等一般性指标的检测，通常提供一般污染情况、早期变质或货架期等信息，如菌落总数过高可能与食品的变质有关。
指示菌：检验用来间接指示相关致病菌存在的可能性，例如大肠菌群可以提示肠道致病菌污染食品的可能性。
致病菌：检验结果直接反映了食品中致病菌污染的情况。对于致病菌限量标准而言，采样方案的选择还需要考虑基于风险的致病菌危害分类。
例如：“该批次的食品是否符合质量标准？”或“食品中是否存在对消费者健康构成威胁的微生物污染？”
二、考虑食品及被抽样品的性质
考虑食品的种类（如肉类、蔬菜、水果、乳制品等）和形态（固态、液态、气态）。
还需要了解食品生产、加工和保存条件、贮存温度、竞争菌群状况，食品的食用习惯、食用者的易感性、供应中贮存和制备等。
GB29921中共包括沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌、致泻大肠埃希氏菌、副溶血性弧菌、克罗诺杆菌共6种致病菌指标。
这些指标有的采用二级采样方案，有的采用三级采样方案，如：沙门氏菌采用的都是二级采样方案（n=5，c=0，m=0）；而金黄色葡萄球菌却有4种采样方案，巴氏杀菌乳、调制乳、发酵乳、加糖炼乳和调制加糖炼乳为“n=5，c=0，m=0/25g(mL)”，即食调味品为“n=5，c=1，m=100CFU/g(mL)，M=1000 CFU/g(mL)”，乳粉和调制乳粉、特殊膳食用食品为“n=5，c=2，m=10CFU/g，M=100 CFU/g”，干酪、再制干酪和干酪制品为“n=5，c=2，m=100 CFU/g，M=1000 CFU/g”。