应具体分析引起污染的途径、涉及的媒介物及病原微生物的种类，有针对性地使用消毒剂。
（二）采取适当的消毒方法
根据消毒对象选择简便、有效、不损坏物品、来源丰富、价格适中的消毒方法。
（三）控制影响消毒效果的因素
许多因素会影响消毒剂的作用，而且各种消毒剂对这些因素的敏感性差异很大。
不同类型的病原微生物对消毒剂抵抗力不同，因此，进行消毒时必须区别对待。
（1）细菌繁殖体。易被消毒剂消灭，一般革蓝氏阳性细菌对消毒剂较敏感，革蓝氏阴性杆菌则常有较强的抵抗力。繁殖体对热敏感，消毒方法以热力消毒为主。
（2）细菌芽胞。芽胞对消毒因子耐力最强，杀灭细菌芽胞最可靠的方法是热力灭菌，电离辐射和环氧乙烷熏蒸法。在化学消毒剂中，戊二醛、过氧乙酸能杀灭芽胞，但可靠性不如热力灭菌法。
（3）病毒。对消毒因子的耐力因种类不同而有很大差异，亲水病毒的耐力较亲脂病毒强。
（4）真菌。对干燥、日光、紫外线以及多数化学药物耐力较强，但不耐热（60℃1小时杀灭）。
污染的微生物数量越多需要消毒的时间就越长，剂量越大。
（1）有机物在微生物的表面形成保护层妨碍消毒剂与微生物的接触或延迟消毒剂的作用，以致微生物逐渐产生对药物的适应性。
（2）有机物和消毒剂作用，形成溶解度比原来更低或杀菌作用比原来更弱的化合物。
（3）一部分消毒剂与有机物发生了作用，则对微生物的作用浓度降低。
（4）有机物可中和一部分消毒剂。消毒剂中重金属类、表面活化剂等受有机物影响较大，对戊二醛影响较小。
随着温度的升高，杀菌作用增强，但温度的变化对各种消毒剂影响不同。如甲醛、戊二醛、环氧乙烷的湿度升高1倍时，杀菌效果可增加10倍。而酚类和酒精受温度影响小。
从两方面影响杀菌作用。一是对消毒剂的作用：改变其溶解度和分子结构。二是pH过高或过低对微生物的生长均有影响。在酸性条件下，细菌表面负电荷减少，阴离子型消毒剂杀菌效果好。在碱性条件下，细菌表面负电荷增多，有利于阳离子型消毒剂发挥作用。
保证消毒、灭菌处理的剂量，加强效果监测，防止再污染。