1、菌种是指一组由相同菌属、菌种命名的单一或分枝链单一紫菌纲细胞形态和遗传特征相似的细菌总称。菌株则指在同一菌种下，由不同的来源（不同的患者、不同的环境，在不同的时间或地点分离出的）而分离出的，具有明显特征差异的亚种。
2、菌种是从事微生物学及生命科学研究的基本材料，在医学领域中，诊断制品的制备，菌苗的生产、微生物致病性研究、药物的抑菌试验、药品微生物检验等方面都有一套完整的菌种，菌种又分为母种、原种以及栽培种三级。
菌种和菌株的定义不同，菌种是按照分类学上的规定按照一定的科学标准来定义，而菌株则是根据临床或科研实验需要，将同一菌种中表现出显著性状差异的菌体分为不同次级群体。
同一菌种之间可以有很大的表型和基因型的差异，因此，菌株之间也会存在很多差异，或者在进行各类实验和应用时，选择具有特殊性状的分离物。
菌株主要用于临床和实验室应用等方面，如药物敏感性试验、免疫诊断、研究微生物生态学、基因工程及发酵工业等方面。菌种则主要用于微生物学研究中，较少直接应用。
在实际应用中，菌株和菌种的概念有时候也会有所关联。比如，一些研究人员会选择不同来源的菌株作为同一菌种的代表，以构建菌种的典型菌株集合，为了便于分类鉴定，常常会存放在菌种库中。
综上所述，菌种和菌株虽然在概念上存在一定的差异，但在微生物的研究和应用中，却又常常密切关联。科研人员在应用中要严格根据概念区分，避免混淆误用。
三、菌群、菌型、菌属是什么
1、菌群：指的是大量真菌或细菌形成肉眼可见的集团，生活在健康动物各部位、数量大、种类较稳定、一般能发挥有益作用的微生物种群叫正常菌群。
2、菌型：同一菌种的不同细菌，在某些方面有较小差异的为同一菌型，通常一个菌种内的细菌可以分为多种不同的菌型。
3、菌属：菌种的上一级分类，通常性状相近、亲缘关系密切的若干菌种组成一个菌属，如芽孢杆菌属、葡萄球菌属、乳杆菌属等。