从世卫组织对食源性疾病的病因的调查分析，80%以上的食源性疾病都是与生物相关的因素，比如细菌、病毒、寄生虫以及生物毒素。微生物主要通过空气、原辅材料、作业人员、制造装置、包装容器的途径来污染产品，而食品微生物的风险管理重在强化过程控制，微生物检验采样是过程控制是否满足要求的判断依据。
目前最为流行的采样方案为国际食品微生物规范委员会（ICMSF）推荐的采样方案和随机采样方案，ICMSF的采样方案是依据事先给食品进行的危害程度划分来确定的，将食品分成3种危害度：
I类危害，老人和婴幼儿食品及在食用前可能会增加危害的食品；
II类危害，立即食用的食品，在食用前危害基本不变；
III类危害，食用前经加热处理，危害减小的食品。
采样方法是从统计学原理来考虑，将检验指标对食品卫生的重要程度分成一般、中等、和严重3档。根据以上危害度的分类，又将采样方案分成二级法和三级法。
设定n、с及m值，采样数只设合格判定标准m值，超过m值的，则为不合格品。
例如，生食海产品鱼，n=5，c=0，m=102，n=5即采样5个，c=0即意味着在该批检样中，未见到有超过m值的检样，此批货物为合格品。
设有微生物标准m及M值两个限量如同二级法，超过m值的检样，即算为不合格品。其中以m值到M值的范围内的检样数，作为c值，如果在此范围内，即为附加条件合格，超过M值者，则为不合格。
例如：冷冻生虾的细菌数标准n=5，c=3，m=101，M=102，其意义是从一批产品中，取5个检样，经检样结果，允许≤3个检样的菌数是在m--M值之间，如果有3个以上检样的菌数是在m--M值之间或一个检样菌数超过M值者，则判定该批产品为不合格品。
n：系指一批产品采样个数。
c：系指该批产品的检样菌数中，超过限量的检样数，即结果超过合格菌数限量的最大允许数。
m：系指合格菌数限量，将可接受与不可接受的数量区别开。
M：系指附加条件，判定为合格的菌数限量，表示边缘的可接受数与边缘的不可接受数之间的界限。
确定了采样方案以后，采样方法对采样方案的有效执行以及保证样品的有效性和代表性至关重要。
1、采样必须遵循无菌操作程序，采样工具如整套不锈钢勺子、镊子、剪刀等应当高压灭菌，防止一切可能的外来污染。
2、容器必需清洁、干燥、防漏、广口、灭菌，大小适合盛放检样。
3、采样全过程中，应采取必要的措施防止食品中固有微生物的数量和生长能力发生变化。
4、确定检验批次，应注意产品的均质性和来源，确保检样的代表性。
5、当用自动采样器取不需要冷却的粉状或固定食品时，必须履行相应的管理办法，保证产品的代表性不被人为地破坏。
1 直接食用的小包装食品：
尽可能取原包装，直到检验前不要开封，以防污染。
（1）采样前摇动或用灭菌棒搅拌液体，尽量使其达到均质。
（2）以无菌操作开启包装,用100mL无菌注射器抽取,注入无菌容器。
（3）如为非冷藏易腐食品，应迅速将所采样品冷却至0-4℃。
3 半固体样品：
以无菌操作拆开包装,用无菌勺子从几个部位挖采样品,放入无菌容器。
（1）每份样品应用灭菌采样器由几个不同部位采取，一起放入一个灭菌容器内。
（2）大块整体食品应用无菌刀具和镊子从不同部位割取,割取时应兼顾表面与深部,注意样品的代表性; 小块大包装食品应从不同部位的小块上切采样品,放入无菌容器。
（3）若为检验食品的污染情况，可取表层样品；若为检验食品品质的情况，应从深部采样。
（4）注意不要使样品过度潮湿，以防食品中固有的细菌增殖。
（1）对大块冷冻食品，应从几个不同部位用灭菌工具采样，使之有充分的代表性。
（2）大包装小块冷冻食品按小块个体采取;大块冷冻食品可以用无菌刀从不同部位削采样品或用无菌小手锯从冻块上举采样品,也可以用无菌钻头钻取碎屑状样品,放入容器。
（3）冷冻食品的采样还应注意检验目的,若需检验食品污染情况,可取表层样品;若需检验其品质情况,应取深部样品。
（4）在将样品送达实验室前，要始终保持样品处于冷冻状态。样品一旦融化，不可使其再冻，保持冷却即可。