菌落计数方法包括平皿法、薄膜过滤法和最可能数法（Most-Probable-Number Method，简称MPN法），其中平皿法可分为倾注平皿法和涂布平皿法，常见的菌落总数操作方法见表1。
GB4789.2-2022 《食品安全国家标准 食品微生物学检验 菌落总数测定》
倾注平皿法/菌落总数测试片
FDA- Bacteriological Analytical Manual Chapter 3：2001《Aerobic Plate Count》
GB/T13093-2006 《饲料中细菌总数的测定》
GB/T18204.9-2000 《游泳池水微生物检验方法 细菌总数测定》
GB/T5750.12—2023《生化饮用水标准检验方法 微生物指标》
WS 394-2012 《公共场所集中空调通风系统卫生规范 附录D 集中空调送风中细菌总数检验方法》
六级筛孔撞击式微生物采样器
GB15979-2002 《一次性使用卫生用品卫生标准 附录B2》
《化妆品安全技术规范》2015版
BS EN ISO 21149 (2017) 《Cosmetics- Microbiology -Enumeration and detection of aerobic mesophilic bacteria》
USP-NF 61 《MICROBIOLOGICAL EXAMINATION OF NONSTERILE PRODUCTS: MICROBIAL ENUMERATION TESTS》
平皿法/薄膜过滤法/MPN法
BP Appendix XVI B 《Microbiological Examination of Non-sterile Products》
EP 9.0 edition, Chapter 2.6.12《Microbiological examination of non-sterile products: microbial enumeration tests》
ChP1105 2020版《非无菌产品微生物限度检查：微生物限度计数》
根据上表的适用范围和操作方法可得出，平皿法是使用范围最广。
根据测试标准适用范围和样品特性：
A.平皿法因可操作性性强，会更多用于污染度高的被检样品；
B.薄膜过滤法适用于测试量需求大且污染度一般的液体样品；
C.MPN法可用于微生物计数时精确度较差时，包括对于某些微生物污染度很小的样品。
故在日常测试中，可根据样品的污染度情况去选择更合适的菌落总数测试操作方法。
样品的取样量与其质量标准或测试方法去选择，对于官方标准未明确取样量的，亦可根据结果的代表性加大取样量。稀释缓冲液的选择则是要求样品在稀释缓冲液中能够充分混合，从而保证样品的均一性，故不同样品，会有不同的稀释液需求。日常工作中，常见的稀释缓冲液与要求见表2。
GB4789.2-2022 《食品安全国家标准 食品微生物学检验 菌落总数测定》
无菌生理盐水/磷酸盐缓冲液
FDA- Bacteriological Analytical Manual Chapter 3：2001《Aerobic Plate Count》
GB/T13093-2006 《饲料中细菌总数的测定》
0.85%生理盐水/磷酸盐缓冲液
GB/T18204.9-2000 《游泳池水微生物检验方法 细菌总数测定》
GB/T5750.12—2023《生化饮用水标准检验方法 微生物指标》
WS 394-2012 《公共场所集中空调通风系统卫生规范 附录D 集中空调送风中细菌总数检验方法》
28.3L/min，（5-15）min
GB15979-2002 《一次性使用卫生用品卫生标准 附录B2》
无菌生理盐水（200mL）
不进行梯度稀释，做5平行
《化妆品安全技术规范》2015版
无法充分溶解稀释液中的样品可加吐温80和/或石蜡
BS EN ISO 21149 (2017) 《Cosmetics- Microbiology -Enumeration and detection of aerobic mesophilic bacteria》
1:10（样品：加稀释液后）
无菌生理盐水、磷酸盐缓冲液、pH7.0无菌氯化钠-蛋白胨缓冲液等
最终的取样量与稀释液，需通过样品方法学适用性验证方能使用。
USP-NF 61 《MICROBIOLOGICAL EXAMINATION OF NONSTERILE PRODUCTS:MICROBIAL ENUMERATION TESTS》
BP Appendix XVI B 《Microbiological Examination of Non-steri