根据本地区样品量分设相应数量的风干室和制样室。
风干室应通风良好、整洁、无易挥发性化学物质，并避免阳光直射；
制样室应通风良好，每个制样工位应做适当隔离；
制样室内应安装监控摄像头，确保全方位、无死角。
（1）盛样用搪瓷盘或木盘。
（2）脱粒、去壳、切碎用小型脱粒机、小型脱壳机、不锈钢刀剪、木滚、硬质木搓板、粉碎机、无色聚乙烯薄膜等。
（3）磨碎风干样用玛瑙球磨机、玛瑙研钵、白色瓷研钵、石磨、不锈钢磨、旋风磨等。
（4）筛网孔径为0.25-0.4mm的尼龙筛。
（5）具塞磨口玻璃瓶、具塞无色聚乙烯塑料瓶、具塞玻璃瓶、无色聚乙烯塑料袋或牛皮纸袋，规格视样品量而定。应避免使用含有待测组分或对测试有干扰的材料制成的样品瓶或样品袋盛装样品。
（6）电子天平、样品制备手持终端、便携式蓝牙打印机、样品标签打印纸、电脑、常规打印机、原始记录表。
样品制备人员通过手持终端查询样品信息、扫描样品标签二维码接受送达样品后分类存放；
扫描样品标签二维码对样品进行初步制备，采样手持终端配套蓝牙打印机打印制备分装样品标签；
扫描样品标签二维码流转样品。
样品制备过程尽可能使每一份测试样品均匀取自该样品总量。
初步制备包括对水稻或小麦样品进行风干或烘干，并用小型脱粒机脱粒，或凭借硬木搓板与硬木块进行手工脱粒，反复混合均匀。
初步制备后的水稻和小麦样品，采用四分法缩分至所需量。将脱粒后混合均匀的样品铺成圆形，过中心线画十字线分为四等份，取对角线两等份，如此继续缩分至所需量为止。
经缩分后的农产品样品应分装送检样品、入库样品与留存备用样品。送检样品送实验室按要求细磨后测试，留存备用样品在流转中心保存备用。送检样品1份（250g）、国家样品库样品1份（250g）、省级样品库样品1份（250g）和流转中心留存备用样品1份（250g）；需制备农产品密码平行样的样品要另外分装2份送检样品（各250g，3份样品应在分装后集中放入同一包装袋内流转）。采取鲜样测定的蔬菜样品不宜长期保存。样品制备过程应确保每份样品的均匀性和代表性。
水稻和小麦样品采取干样制样，含水率较高的蔬菜样品宜采取鲜样制样。
干样制样：用干纱布擦净样品上的泥尘等附着物后直接磨碎，带皮样品应用清水冲洗、晾干或烘干（65℃±5℃）、去皮后磨碎，可采用玛瑙研钵进行手工或机械研磨（玛瑙碎样机、石磨、不锈钢磨），使样品全部通过尼龙筛（筛网孔径0.25-0.4mm）并混合均匀。
鲜样制样：蔬菜样品一般采用鲜样分析，制样方法参照《农、畜、水产品污染监测技术规范》（NY/T398-2000）执行。
（1）样品风干、磨碎过程中样品编码必须始终保持一致。定期检查样品标签，严防样品标签模糊不清或丢失。
（2）制样所用工具应在处理每份样品前清理干净，严防交叉污染。