依据目前实际应用情况可将指示菌分为两种类型：
第一种类型的指示菌是为了评价被检样品的一般卫生质量、污染程度以及安全性，最常用的是菌落总数、霉菌和酵母菌数。
第二种类型是特指粪便污染的指示菌，主要指大肠杆菌和大肠菌群，其它还有肠球菌、亚硫酸盐还原梭菌等。它们的检出标志着检品受过人、畜粪便的污染，而且有肠道病原微生物存在的可能性。
菌落总数是指示性微生物指标，不是致病菌指标，反映食品在生产过程中的卫生状况。如果食品的菌落总数严重超标，将会破坏食品的营养成分，使食品失去食用价值；还会加速食品腐败变质，可能危害人体健康。菌落总数超标的原因，可能是企业未按要求严格控制生产加工过程的卫生条件，也可能与产品包装密封不严或储运条件不当等有关。 食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，增加危害人体健康的几率。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，危害人体健康安全。
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中大肠菌群不合格，说明食品存在卫生质量缺陷，提示该食品中存在被肠道致病菌污染的可能，对人体健康具有潜在危害，尤其对老人、小孩的危害更大。大肠菌群超标的原因，可能是包装材料受污染，或在生产过程中产品受到人员、工具器具等生产设备、环境污染。
菌落总数和大肠菌群超标的食品，说明其卫生状况未达到基本卫生要求，存在致病微生物污染的潜在风险。食品原料、生产加工环境或加工环节的不规范操作是导致微生物指标超标的主要原因。
如何理性看待食品中的“指示菌超标”呢？一是消费者要了解大肠菌群指标的实质性意义，它不会对健康造成直接的危害。二是要懂得经过适当的加热或者是再加工，做到位了，即使菌落总数超标，也不会带来大的风险。