来自土壤中的微生物：主要通过病人和患病动物的排泄物、尸体、或通过废物、污水使土壤污染。土壤本身也含有能长期生存的微生物。
来自空气中的微生物：主要来自地面，有的直接来自人和动物的呼吸道。
来自水中的微生物：主要是由土壤中的微生物随雨水流入水中，人畜排泄物和污水废物流入水中。
来自人及动植物的微生物：健康的人体和动物的消化道和上呼吸道均有一定种类的微生物存在。周围环境污染人和动植物造成危害。
通过水污染：水中如有大量微生物存在说明水已被有机物污染，如用这种水处理食品，就会污染食品，水质不合格的原因有：水源本身不合格、管道之间交叉污染、管道污染等。
通过空气污染：空气中的微生物，随着灰尘的飞扬或沉降将微生物附着在食品上。此外人体带有微生物的痰沫、鼻涕与唾液的小水滴在讲话、咳嗽或在打喷嚏时，可直接或间接的污染食品。
通过人及动物而污染：人接触食品时，人体作为媒介，将微生物污染食品，特别是手造成的食品污染最为常见。直接接触食品的从业人员，他们的工作衣帽，不经常清洗，消毒，不保持清洁，就会有大量的微生物附着，从而造成食品污染；车间内有苍蝇等飞虫或老鼠活动，也会通过污染食品接触面、空气或直接接触食品而造成污染。
通过用具（设备、工器具、容器）及杂物（含原料、废料、包装物料等）污染：应用于食品的一切用具，都有可能作为媒介将微生物污染食品，表面不光滑的用具污染程度更加严重。特别是装运食品的工具或用具，在用后未经彻底清洗消毒，而连续使用，就会造成微生物的残存，从而污染以后装运的食品。
控制食品微生物超标的三原则
控制——抑制细菌的繁殖
1 垃圾、下角料、废弃物进行无害化处理，远离生产场所存放并保持清洁
2 粪便进行无害化处理，保持周围卫生
3 污水进行无害化处理，并合理排放
4 做好厂区及周围灭鼠、灭蝇虫工作
5 做好车间、仓库的防鼠、防蝇虫工作
1 食品运输和贮藏的卫生管理：使用前进行彻底清洗、消毒要防尘，防热，防腐处理。
2 生产车间布局合理，无交叉污染。
3 生产卫生：建立良好规范的卫生规范，确保生产环境（空气、设备设施、工器具等）卫生，人员操作符合卫生要求。
个人卫生：养成良好的卫生习惯，工作服帽整洁干净，定期进行健康检查。
4 生产用水卫生：定期检查水质，不合格的水源应定期进行净化，消毒处理。作好水源的防护，确保水质安全卫生。
5 原辅材料、包装物料卫生：采用合格的原辅材料、包装物料，并确保在运输、存放、使用时不存在劣变和交叉污染。
1 用水分活度、pH、化学物质及包装控制
1 控制pH（酸度）
2 控制水分活度（含水量，干燥，高盐，高糖）
0.85以上，高水分食品，需冷藏或采取其它措施保存
0.6-0.85,中等水分食品，不需冷藏，但货架期短
0.6以下，低水分食品，不需冷藏，有较长货架期
3 化学抑制剂（防腐剂，盐，糖），必须符合国家规定，并标注清楚
4 控制包装（真空包装，充气包装）
2 通过冷藏和冷冻（温度）控制
温度为5到46℃是致病菌生长的危险范围
2 时间/温度的合理控制（低温，短时）
4 烹调后迅速冷却：在很短时间内将温度从60℃降至21℃
5 烹调后保温存放：保持60℃以上
1 热处理（烹调或杀菌）
方式：煮 、蒸、炸、烤、炒、高温高压杀菌、管式热交换器、刮板式热交换器
微生物的种类(芽胞或营养细胞)
1 消毒剂：用于杀灭微生物使其达到消毒要求的制剂。
2 有效成分：是指消毒剂中具有杀灭微生物作用的活性成分，其含量常用质量浓度（mg/L）、质量分数（%、ppm）或体积分数（%、ppm）表示。
3 消毒剂消毒灭菌的特点：
应用广泛：可用于病人/畜排泄物与分泌物、皮肤、粘膜、饮水、厕所、空气、手、食品接触面等的消毒。
甲酚：煤酚皂液（来苏尔）就是甲酚与肥皂的混合液，常用3-5%的溶液来消毒皮肤、桌面及用具等。
甲醛：福尔马林溶液就是37-40%的甲醛水溶液
醇：它是脱水剂、蛋白质变性剂，也是脂溶剂，可使蛋白质脱水、变性，损害细胞膜而具杀菌能力。乙醇（酒精）是普遍使用的消毒剂，50-70%的乙醇便可杀死营养细胞；75%的乙醇杀菌效果最好，超过80%以至无水酒精效果较差。（一般72-78%）
5 卤族元素及其化合物：
碘：是强杀菌剂。3-7%碘溶于70-83%的乙醇中配制成碘酊，是皮肤及小伤口有效的消毒剂。碘一般都作外用药。
氯气或氯化物：这是一类最广泛应用的消毒剂。氯气一般用于饮水的消毒，次氯酸盐等常用作食品加工过程中的消毒。氯气和氯化物的杀菌机制，是氯与水结合产生了次氯酸(HClO)，次氯酸易分解产生新生态氧，这是一种强氧化剂，对微生物起破坏用。
灭菌：用物理或化学方法杀灭物体上所有的微生物（包括病原微生物和非病