1、防潮：当空气太潮湿时，光学镜片容易生霉，起雾；机械零件受潮后，容易生锈。平时显微镜室应保证65°以下的湿度，潮湿地区应在室内配置除湿机。
2、控温：为避免热胀冷缩引起镜片开胶与脱落，显微镜室室温建议维持在20-24℃。
3、防尘：光学元件表面落入灰尘，不仅影响光线通过，而且经光学系统放大后，会生成很大的污斑，影响观察。灰尘、砂粒落入机械部分，还会增加磨损，危害同样很大。故显微镜室应该保持干净，显微镜不用时应用防尘罩罩住以防止落灰。
4、防腐蚀：显微镜不能和具有腐蚀性和强挥发性的化学试剂放在一起，如硫酸、盐酸、强碱等。
5、防震：显微镜的光学系统和机械系统都是经过精密校正的，在使用及保管期间要防震，同时也要注意避免阳光直射，避免空调直吹显微镜，以保证它固有的高性能。
6、稳压：显微镜室供电电压波动不应超过正常电压的±10V，电压不稳的地区应加装稳压电源，保护显微镜系统不受损害。
二、光学显微镜机械系统维护保养
1、油漆表面的清洁：顽固污迹可以使用软性清洁剂清洁。
2、塑料表面的清洁：软布蘸水清洁即可。
1、不要用手接触光学零件。
2、擦镜纸是给油镜清洁使用的，干镜清洁请务必使用脱脂棉签。
3、油镜使用后用干净柔软的专业擦镜纸蘸无水乙醇采用螺旋渐进的方式轻轻擦干净油的物镜；（留意擦镜纸的两个面，纹路是不同的：其中一面是粗糙的，另一面更光滑些，要使用更光滑的那一面来清洁。一般不建议用干的擦镜纸直接擦拭，同样可能划伤镜头）。
4、如果有较顽固污迹或灰尘，先用洗耳球吹走较大较硬灰尘，然后用长纤维脱脂棉签或干净细棉布蘸无水乙醇擦拭，这样可以避免较大较硬灰尘颗粒划伤镜头，影响观察效果。
5、目镜和物镜的擦试方法
①在长纤维脱脂棉签顶端蘸上无水乙醇；
②目镜：从中*部分开始，采用螺旋渐进的方式轻轻逐步擦到边缘；
③物镜＆聚光镜：用脱脂棉签按同样方法擦试物镜和聚光镜顶透镜；
④注意：无需经常将物镜/目镜拆下来清理擦拭，日常使用时仅需用脱脂棉签及擦镜纸配合无水乙醇擦去油污即可，只有遇到顽固污渍时才应将物镜拆卸清理。擦试镜头时，动作应轻柔，不能过于用力，以避免损坏镀膜层。