在消毒处理后与开展检验活动之前期间采样。取样点取样位点的选择应基于人员流量情况和做试验的频率。取样位点的选择应基于人员流量情况和做试验的频率。一般情况下，无菌室面积<30m2时，选取东、南、西、北、中5点，其中东点、南点、西点、北点均距墙1m。
在所选位点，将平板计数琼脂平板（90mm）或水化3M 菌落总数测试片，置于距地面80cm处，开盖暴露15 min，然后，置于36℃土1℃恒温箱培养48h±1h，如果测定某目标细菌，则可用选择性琼脂平板（如PDA平板）或微生物测试片（如3M 环境李斯特氏菌测试片。
确认平板上的菌落数，如大于所设定的风险值，应分析原因，并采取适当措施。