一、费用承担的基本原则
复检费用由申请人先行垫付。最终由谁承担，取决于复检结论与初检结论是否一致。
二、结论一致（维持初检）：申请人承担
复检结论维持初检结论的，复检费用由提出申请的复检申请人承担。这是最常见的情形，企业预算复检成本时应按「先垫付、后追偿（仅在翻案时）」处理。
三、结论不一致（翻案）：监管部门承担
复检结论与初检不一致的，复检费用由实施监督抽检的食品安全监督管理部门承担，复检机构应向申请人退费。其法理在于：初检结论错误，不应由当事人为企业之外的原因买单。
四、食用农产品快检复检的特殊规定
《食用农产品市场销售质量安全监督管理办法》第三十条明确：被抽查人对快检结果有异议申请复检，复检结论仍不合格的，复检费用由申请人承担。即无论是否翻案，只要快检复检后仍不合格，即由申请人承担。
五、实务要点
复检机构不得向申请人乱收费，费用收取与结算须符合规定。因检测结果错误给当事人造成损害的，检测机构依法承担赔偿责任（《农产品质量安全法》第五十一条）。