大肠菌群：是指一群能发酵乳糖、产酸、产气、需氧和兼性厌氧的革兰氏无芽孢杆菌 。该菌主要来源于人畜粪便，大肠菌群是评价食品卫生质量的重要指标之一。
目前，食品中大肠菌群检测方法国内主要采用GB 4789.3-2016和GB/T4789.3-2003标准、进出口企业采用的ISO方法或者客户提供的检测方法等。
目前国内的GB/T 4789.3-2003标准：采用三步法，即：乳糖发酵试验、分离培养和证实试验；而GB 4789.3-2016标准，采用两步法,即：发酵推测实验、证实实验。
检测该菌的方法主要有MPN法，平板计数法。
MPN法中主要用到的是LST、BGLB、EC肉汤等。
平板计数法主要是VRBA、去氧胆酸盐等。
1、 LST、BGLB、EC等在灭菌时小倒管中气泡排不尽；
2、灭菌后培养基颜色异常；
3、灭菌后培养基出现沉淀；
4、培养后气泡不易观察；
5、VRBA、去氧胆酸盐平板上菌落特征不易辨认；
6、平板法培养基不凝固等。
1、在分装LST、BGLB、EC时，小倒管中有水柱；此外，高压灭菌时，需急排气，灭菌后迅速冷却。
2、在制备过程中过度加热；水质不佳(GB/T 2740-2008标准中5.4.2.5中强调实验室培养基、试剂及稀释剂配制用水应经蒸馏、去离子或反渗透处理，电阻率在25℃时应≥300 000 n.cm,建议每周检测一次)；或者脱水培养基质量差。
3、在发酵试验工作中，经常可以看到在发酵倒管内极微少的气泡（有时比小米粒还小），有时可以遇到在初发酵时产酸或沿管壁有缓缓上浮的小气泡。实验表明，大肠菌群的产气量，多者可以使发酵倒管全部充满气体，少者可以产生比小米粒还小的气泡。如果对产酸但未产气的乳糖发酵如有疑问时，观察气泡时，可以用手轻轻打动试管，如有气泡沿管壁上浮，即应考虑可能有气体产生，然后作进一步试验。
4、熟悉大肠菌群在上述平板上的特征,必要可做一些阳性的对照。有些食物残渣会影响观察结果，这样需要我们在培养前仔细观察平板的状态，大的食物残渣可以做一些标记。
5、一般是在制备过程中称量不正确、或者培养基制备后未充分混匀。
金黄色葡萄球菌：是人类化脓感染中最常见的病原菌，可引起局部化脓感染，也可引起肺炎、败血症等，其毒性的强弱取决于产生的毒素和侵袭性酶，例溶血素酶、杀白细胞素、血浆凝固酶、脱氧核糖核酸酶。
我国国家卫生和计划生育委员会于 2021年9月发布了《食品安全国家标准 食品中致病菌限量》(GB 29921-2021)，在国标中制定了金黄色葡萄球菌的限量标准，规定肉制品、粮食制品、即食豆制品、即食果蔬、即食调味品等7大类食品中，同批次采集 5 份样品，每份样品中的金黄色葡萄球菌浓度均不得超出 1000 CFU/g，仅允许其中1份样品在 100~1000 CFU/g之间。
新版标准中还增加了乳制品中金黄色葡萄球菌的限量要求。
目前，国内检测食品中金黄色葡萄球菌依据国家标准《食品微生物学检验 金黄色葡萄球菌检验》(GB4789.10-2016)检测该菌的方法主要有MPN法，平板计数法；主要用到的是7.5%氯化钠肉汤、Baird-Parker平板，血平板等。
B-P琼脂上金黄色葡萄球菌有黑色的菌落中心，周围有半透明的卵磷脂沉淀环。金黄色葡萄球菌在B-P上的菌落特征如下图：
1、7.5%氯化钠肉汤中呈混浊生长，怎么判断；
2、平板的状态：透明、有絮状物。
3、凝固酶实验的观察。
1、由于食品颗粒的影响，这步不容易观察，最好是进行下一步验证。
2、不同的厂家的培养基平板制好后的状态有所不同，主要取决于亚碲酸钾卵黄增菌液的不同。根据各厂家的培养基说明制定相应的实验室SOP.
3、在添加亚碲酸钾卵黄增菌液时，温度的掌握，不宜太高，过高易使卵黄变性，也不应太低，太低琼脂易凝固。
4、将金黄色葡萄球菌接种到兔血浆上后，每半小时观察一次，观察凝固时，将血浆轻轻倾斜或慢慢倒置，如有流动，既证明没有凝固。不同厂家的冻兔血浆，可能会有差异，仔细阅读作业指导书。