车间的整体布局，要以产品的工艺流程、生产规模、配套设备和预定的场地为主线，结合其他细节来进行调整。
如果是新建厂房，可以根据工艺和规模自由设计，在满足工艺需要的基础上，配合场地利用和预期的风格进行外观布局，如果是已有固定建筑物，整体结构已经定型，只能在有限空间内进行规划。
车间布局的总体原则是以物流为主线，结合水、电、汽、冷的供给方便，规划整体结构，然后根据细节调整。
同时安全和消防要求也要放在首位，安全不仅仅是消防和疏散这么简单，包括建筑结构、建筑和设备设施材料、各种管线布局隐患的预防，等等。
车间布局应顺畅、紧凑、合理，避免往返交叉和长距离运输或多次运输，但并不是要一条线式的设计，这样空间利用和管理上都会有欠缺。为使生产车间流程顺畅同时避免一条直线带来的弊端，一般将建筑物设计成T形、L形或U形，如果是多层车间，还要考虑上下运输的问题。新建厂房还应考虑后期扩建的可能性，要留有适当的发展余地。
食品加工过程基本上都是从原料→半成品→成品的过程，即从非清洁到清洁的过程。因此，车间原则上应该按照产品的加工进程顺序进行布局，使产品加工从非清洁的环节向清洁环节过渡，避免在加工流程中出现交叉和倒流。
不同清洁区之间要要采取相应的隔离措施，形成不同的功能间，以便控制彼此间的人流、物流和空气流，避免产生交叉污染。
物流的传递通过传递窗进行或通过加工设备自带功能传输，如连续蒸煮机、油炸机、蒸柜生熟区分别开门等。既隔开了生熟区域，又传递了物料。
不同清洁区要分别设置工器具清洗、消毒间，根据需要配备清洗消毒设施设备，消毒间应有冷热水供应，排水顺畅。
下角料和废弃物要用密闭的包装从专用出口运出，或按物流逆向运出，应注意交叉污染的预防。
仓库为车间配套建筑，位置应尽量靠近相应的生产车间和辅助车间，并根据贮存物料的不同，选定符合防火安全所要求的间距与结构。
原辅料和成品库，根据产品的贮存需要，可能分为常温库、保鲜库和冷冻库；
由于食品加工的原料千差万别，清洁度也不同，如新鲜的蔬菜，水果，新鲜或冰鲜的肉类，水产品等，如果不能及时处理，需要冷藏保存；冷冻的肉类和水产品，则需要冷冻保存。而蔬菜、肉类、水产品，清洁度和风味截然不同，即使贮存要求相同，也不能同库存放，运输工具也应该分开；
综合以上因素，同时考虑进入车间的方便性，制冷能源供给的方便，要统筹考虑仓库的位置、面积和区间划分，以及各自出、入库通道，进、出车间的通道等。一般需要控制温度仓库，尽量与车间相连，便于出入库，避免原料进入车间使用或成品入库时需要在厂区运输，而常温贮存的原辅料库可以在离车间不远的位置单独建设。
原料库和成品库，如果清洁度和贮存条件一致，也可以建在一起，适当进行物理隔离，这样的情况车间一般为U形，原料入口和成品出口在同一侧。
考虑防火和进货方便，包材库和常温原辅料库一样，大型工厂可以建不跟车间连为一体独立仓库，包材库可以和常温原辅料库在一个建筑内不同区域存放。但应有跟车间相连的内、外包材暂存库，用于一两天内使用的包材消毒。小型工厂的包材库存量较少，一般可以设置在在车间包装间相连位置，便于传递进车间使用。
三、人流及更衣室、洗手消毒设施，风淋
人流是在车间布局主流程基本确定的基础上，进行布局人员进入车间的入口，更衣室、洗手消毒设施的设置，进入车间后人的流动录像等。
目前一般要求不同清洁度的区域，应分别设置车间入口，除非建筑物已经固定无法改变，尽量不再设置从非清洁区进入清洁区的二次更衣的模式。每个车间入口都应设置更衣室，洗手消毒设施，清洁度要求高的区域还应设置风淋。比较规范的更衣室应有换鞋间，便衣存放间，换工作服、鞋间，洗手消毒设施的配备要跟该区域的工作人员数量相适应。
人员进入车间后，应直接进入工作区域，避免相互之间交叉或跟物流交叉，尽量避免人员穿过一个功能间进入另一个功能间工作的情况，每个功能间都应配备洗手消毒的设施以用于定时或随时洗手消毒。
四、能源配备和供给（水、电、气、蒸汽、天然气等）
这一部分主要基建和设备部的同事负责，质量人员关注较多的一般是水（冰、蒸汽）和气（换气、消毒、空气洁净度）。
（1）水流（供水与排水）
车间供水方向应逆加工进程方向，即由清洁区向非清洁区流，供水管路应尽量统一走向，冷水管要避免从操作台上方通过，以免冷凝水凝集滴落到产品上。为了防止水管外不洁的水被虹吸和倒流入管路内，须在水管适当的位置安装真空消除器和止回阀。
车间的排水沟应该用表面光滑、不渗水的材料铺砌，施工时不得出现凹凸不平和裂缝，并形成一定倾斜度，以保证车间排水的通畅，最好各区域单独设出口，需要跨区域排水，排水的方向要从清洁区向非清洁区方向排放。排水沟出口要有防鼠网罩，车间的地漏或排水沟的出口应使用U型或P型、S型等有存水弯的水封，以便防虫防臭。