为了保证微生物实验的顺利进行，保证实验结果的准确性，不影响实验进度，必须把器皿彻底清洗干净。
1、任何洗涤方法，都不应对玻璃器皿有所损伤，不能用有腐蚀作用的化学药剂，也不能使用比玻璃器皿硬度大的物品来擦拭玻璃器皿。
2、一般新的玻璃器皿用2%的盐酸液浸泡数小时，后用水冲洗干净。
3、用过的器皿应立即洗涤，放置太久会增加洗涤困难。
4、强酸、强碱及其它氧化物和有挥发性的有毒物品，都不能倒在洗涤槽内，以免污染环境水质，必须倒在废液缸中。
5、含有对人体有传染性病菌的器具，应先高压灭菌后再进行洗涤。
6、难洗涤的器皿不要与易洗涤的器皿放在一起，以免增加洗涤的麻烦。有油的器皿不要与无油的器皿混在一起，否则使本来无油的器皿沾上了油垢，浪费药剂和时间。
水、洗衣粉、洗涤剂、肥皂。
1、含有琼脂培养基的玻璃器皿的洗涤方法：事先应将器皿中的琼脂刮去，然后用清水洗涤，并用试管刷刷其瓶壁，以除去粘污在壁上的灰尘和油垢。用洗衣粉水洗去油污，然后用水冲洗.，洗好后的器皿应倒置晾干或置于干燥箱中干燥至无水滴。
2、载玻片及盖玻片的洗涤法：新载玻片及盖玻片先在20%的盐酸溶液中浸一小时，然后用自来水冲洗2~3次，最后用蒸馏水换洗2~3次。用过的载玻片及盖玻片，应用纸擦去油垢，再放在5%的洗衣粉水中煮30分钟后立即用自来水冲洗，然后放在稀的洗液中浸泡2小时，再用自来水冲洗至中性。
3、移液管、倒管的洗涤方法：新的移液管及倒管先在的5%盐酸溶液中浸一小时，然后用自来水冲洗几次，最后用蒸馏水换洗几次。用过的移液管、倒管先用自来水洗去表面的残液，再放在洗衣粉水中浸泡一小时以上，再用自来水冲洗至管内壁无残渣，最后用蒸馏水换洗几次，晾干后入恒温干燥箱中烘干。