食品的微生物指标超标通常不允许复检。根据《食品安全抽样检验管理办法》和《中华人民共和国食品安全法实施条例》的规定，当检验结论显示微生物指标超标的，不予复检。这是因为在食品中微生物的分布通常是不均匀的，并且其数量可能会随时间变化，这使得即使进行复检也不能保证结果的一致性或代表性。此外，检验过程复杂，对条件要求高，复检过程可能受到多种因素的影响，导致结果不可比。
因此，在初次检验结果显示微生物超标时，应采取相应的纠偏措施，如加强清洁消毒、找出不合格原因并加以改正等，而不是依赖复检来确认初次的结果。如果企业认为初次检测存在疑问，可以根据相关规定对抽样的真实性、检验方法或判定依据提出异议审核申请。不过，这并不等同于复检，而是对初次检验过程中的某些方面提出质疑。