大小：菌落覆盖的范围，一般描述菌落的直径即可。以毫米计，一般可分大（>3mm）、中（2~3mm）、小（<2mm）三种。
形状：菌落的外观形状，常用词汇包括圆形、卵圆形、三角形、形状不规则等。
隆起状态：菌落切面的形态，常用词汇包括隆起、凸起、扁平等。
边缘特征：菌落周边的形状，常用词汇包括波状、完整、粉粒状、啮齿状等。
颜色：包括菌落正反面的颜色，即气生菌丝和基内菌丝颜色，常用词汇包括白色、乳白色、红色、粉色、黑色、无色等。
光泽度：指表面有无光泽，可直接描述为菌落表面有光泽、无光泽、光滑、粗糙等。
质地：菌落的粘性、脆性等，常用词汇包括蜡状、干燥、易挑起、粘稠感等。
透明度：描述菌落透光的性质，常用词汇包括透明、半透明、不透明。
光滑型菌落（S型菌落）：新分离的细菌大多呈光滑型菌落，表面光滑、湿润，边缘整齐。
粗糙型菌落（R型菌落）：菌落表面粗糙、干燥、呈皱纹或颗粒状，边缘大多不整齐。
黏液型菌落（M型菌落）：黏稠、有光，似水珠样，多见于有厚荚膜或丰富黏液层的细菌。
细菌分解糖类和蛋白质的能力不同及代谢产物的差异，鉴别培养基是通过特定作用底物和指示剂的反应来鉴别细菌。例如：
大肠杆菌：在特定培养基上可能呈现蓝色至紫色菌落。
沙门氏菌：在特定培养基上可能呈现亮红色菌落。
金黄色葡萄球菌：在特定培养基上可能呈现灰黑色至黑色菌落，周围绕以不透明圈，其外常有一清晰带。
在实验室中，区分不同的细菌菌落通常需要结合以上多个方面的特征进行综合判断，同时还需要借助显微镜观察、生化试验以及分子生物学方法等手段进行进一步鉴定。