不同的食品工厂由于产品种类不同, 故污染的霉菌种类也有所差异。共同的污染源可能来自于水、通风良否、操作人员与食品原料。
1清洁生产车间的内部工具
保持生产车间内部工具的清洁和卫生，特别要注意一些卫生死角，要严格的检查清理，每半个月需要深度清洁一次。如操作案面的背面，天花板、墙壁、制冷风机的卫生清理，清理卫生后所有的墙壁、天棚、设备、器具、案面表面要用酒精擦两遍以上，尤其注意清理制冷风机的散热片和冷气的出风口以及内部电机叶片，这是一个很容易忽视的角落。
2控制生产车间的温度和湿度
由于生产车间的温度过高或者湿度过高，都会促使霉菌的加速生长，因此，为了更好地抑制霉菌的生长，车间的温度需要控制在24度以下，湿度需要控制在55%以下。
3对生产车间内部空气进行消毒
一个细菌在24小时内会繁殖成百上千甚至上百万细菌，因此，不管是白天还是黑夜，都要对车间内的空气消毒。白天可以采用动态空气消毒设备对空气消毒，晚上工人下班后可以采用臭氧或者紫外线对空气消毒，这样可以防止空气中滋生细菌累加到白天，造成对产品不利。
4对生产车间内部工具进行消毒
每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、预冷库和库门、速冻库门、包装室、工器具消毒间使用75%的酒精喷洒消毒，班中每2小时对风机、墙壁、下水道实施75%的酒精喷洒，杀灭菌。
5对工作人员的服装进行清洗和杀菌
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染（不可在有人情况下杀菌）。
6对生产车间内需要保持空气流通
保证车间风机的正常运转，保证车间内部空气能够达到要求指标，空调的换气程度好坏直接影响到霉菌的产生。如果车间能保证及时将含有大量水份的空气排出车间，则极大程度缩小了可能存在霉菌的可能性。若是有条件的厂家，建议在新回风管道内安装动态杀菌装置，防止管道内壁、过滤器及空调表冷器滋生细菌，给食品安全形成卫生隐患。