能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。
能够引起人类或者动物严重疾病，比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。
能够引起人类或者动物疾病，但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效治疗和预防措施的微生物。
在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物。
无或极低的个体和群体危险
个体危险中等，群体危险低
个体危险高，群体危险低
食品病原微生物的类别划分
国家卫生健康委员会于2023年8月18日发布了新版《人间传染的病原微生物目录》，对病毒、细菌、放线菌、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体及真菌的危害程度分类和实验室等级要求进行了规定。其中涉及病毒（包括阮病毒）167种；细菌、放线菌、衣原体、支原体、立克次体及螺旋体共190种；真菌151种。
食品病原微生物检验环境要求
按照《病原微生物实验室生物安全管理条例》要求，实验室从事病原微生物检验应具备相应的环境设施和设备，并达到国家相关标准或规范要求。根据实验室对病原微生物的生物安全防护水平，依据生物安全国家标准的规定，将实验室分为一级（BSL-1）、二级（BSL-2）、三级（BSL-3）、四级（BSL-4），其中三级和四级实验室可从事高致病性病原微生物实验，实验室要求通过实验室国家认可，颁发相应的生物安全实验室证书（有效期5年）。一级和二级实验室不得从事高致病性病原微生物实验活动，并且目前不需要经认可或审批，一般的食品微生物第三方检测实验室均具备此类环境和设施要求。二级实验室安全实验室（BLS-2）可对上述表中提到的食品类病原微生物进行实验活动。
GB 19489-2008《实验室 生物安全通用要求》对不同级别生物防护等级实验室的适用范围做了规定：
适用于操作在通常情况下不会引起人类或动物的微生物
适用于操作能够引起人类或动物疾病，但一般情况下对人、动物或环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效质量和预防措施的微生物。
适用于操作能够引起人类或动物严重疾病，比较容易直接或间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。
适用于操作能够引起人类或动物非常严重疾病的微生物，以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。
病原微生物实验室等级划分及参数要求
食品中病原微生物的检验环境及设施要求参照GB 4789.1-2016《食品安全国家标准 食品微生物学检验 总则》、GB 19489-2008《实验室 生物安全通用要求》、GB 50346-2011《生物安全实验室建筑技术规范》、GB 50073-2013《洁净厂房设计规范》、GB 50591-2010《洁净室施工及验收规范》及《药品生产质量管理规范》等标准和规范内容。