细菌菌群、菌属、菌种、菌株等是细菌分类命名的重要名词，在描述细菌时通常用到这些概念，因此有必要了解掌握这些基本概念。
(1)菌群：由多种细菌混合组成的相对稳定的细菌群体，具有某些共同性状。如大肠菌群包括大肠杆菌、产气肠细菌及他们之间的过渡类型。
(2)菌属：菌种的上一级分类，通常性状相近、亲缘关系密切的若干菌种组成一个菌属，如芽孢杆菌属、葡萄球菌属、乳杆菌属等。
(3)菌种：是细菌最基本的分类单位，通常指表型特征相似、亲缘关系接近的一类细菌群体，与同属内其他种有着明显差异;当涉及到细菌保存时，菌种是指细菌的种子(用来长期保存)资源。
(4)菌型：同一菌种的不同细菌，在某些方面存在较小差异的为同一菌型，通常一个菌种内的细菌可以分为多种不同的菌型。
(5)菌株：由一个独立分离的单细胞系培养而成的纯遗传型群体及其一切后代，一种微生物的每一个不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。