由于国内食品安全问题种类繁多，本文挑选目前关注度较高且风险较高的微生物污染进行分析，并将微生物污染分为3类，即细菌污染、真菌污染和病毒污染。笔者剖析以上3种微生物污染的危害及对食品行业和消费者的影响，介绍主流食源性致病菌微生物检测技术，包括传统的培养技术及现代检测技术等多种检测方法，并分析各自的优缺点，如传统的培养基方法、测试片方法、显微镜检测法、分子生物学方法、酶联免疫法及ATP生物荧光法等经典方法，以期为广大食品检测者提供选择参考性依据。
食品的微生物污染通常由一些致病微生物引起，主要包括细菌、真菌和病毒3类。由于微生物具有较强的生态适应性，食品原料在种植、收获、饲养、捕捞、加工、包装、运输、销售、保存及食用等众多环节都可能被微生物污染。同时，微生物具有易变异性，未来可能不断有新的病原微生物威胁食品安全和人类健康。相较于其他化学污染来说，食品易受微生物污染的特点是与生俱来的，由于微生物在空气、水、人体等环境中无所不在，这使其成为食品加工过程中无法杜绝污染的因素之一。可以说，现代食品安全管理中，微生物污染是头等大事，食品生产者必须足够重视，才有可能将其危害控制在安全水平之下。
细菌性污染是涉及面最广、影响最大、问题最多的一类食品污染，其引起的食物中毒在所有食物中毒中具有普遍性并极具爆发性。细菌性食物中毒全年皆可发生，具有易发性和普遍性等特点，对人类健康有较大的威胁。
引起食品污染的微生物主要有沙门氏菌、副溶血性弧菌(Bibrio parahemolyticus)、志贺菌(Shigella)、葡萄球菌等。近年来，变形菌属、李斯特菌(Listeria)、大肠菌科、弧菌属(Vibrio)引起的食品污染呈上升趋势：美国1999年沙门氏菌发病1400万例，住院16430人，死亡582人，损失达23亿美元，其中96%的患者由于摄入受污染食物而被感染;1992年印度爆发霍乱弧菌(Vibrio comma)O139中毒事件，波及孟加拉、巴基斯坦等许多国家;1996年5~8月，日本爆发大肠杆菌O157中毒事件，中毒人数过万，死亡11人;1999年在美国、2000年在法国也发生过李斯特菌中毒事件……根据美国食品和药物管理局(FDA)统计，2000~2005年，美国共有470人因饮用生牛奶而感染埃希氏大肠杆菌，总共发生中毒事件18起，涉及16个州。我国食品的细菌性污染现象也非常普遍，其主要是由蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、副溶血性弧菌和沙门氏菌等微生物引起的食物中毒事件。
真菌在发酵食品行业的应用非常广泛，但许多真菌也会产生真菌毒素，从而引起食品污染。尤其是20世纪60年代发现具有强致癌性的黄曲霉素以来，真菌与真菌毒素对食品的污染日益引起各方重视。真菌毒素不仅具有较强的急性毒性和慢性毒性，还具有致癌、致畸、致突变性，如黄曲霉(Aspergillus flavus)、寄生曲霉(Aspergillus parasiticus)产生的黄曲霉素，麦角菌(Claviceps purpurea)产生的麦角碱，以及杂色曲霉(Aspergillus versicolor)、构巢曲霉(Aspergillusnidulans)产生的杂色曲霉素等。真菌毒素的毒性可以分为神经毒、肝脏毒、肾脏毒、细胞毒等，如黄曲霉素具有强烈的肝脏毒，可以引起肝癌。
常见的产毒真菌主要有曲霉(Aspergillus)、青霉(Penicillium)、镰刀菌(Fusarium)、交链孢霉(Alternaria)等。由于真菌生长繁殖及产生毒素需要一定的温度与湿度，因此真菌性食物中毒往往有较为明显的季节性和地区性。在我国北方地区食品中黄曲霉素B1污染较轻，而长江沿岸和长江以南地区则较重。有调查发现，肝癌等癌症的发病率与当地的粮食霉变现象有一定关系。
与细菌、真菌不同，病毒的繁殖离不开宿主，所以病毒往往先污染动物性食品，然后通过宿主、食物等媒介进一步传播。带有病毒的水产品、患病动物的乳/肉制品一般是病毒性食物中毒的起源。同细菌、真菌引起的病变相比，食源性病毒引发的疾病更加难以得到有效治疗，且更容易爆发流行。
常见食源性病毒主要有甲型肝炎病毒(HepatitisA)、戊型肝炎病毒(Hepatitis E)、轮状病毒(Rotavirus)、诺瓦克病毒(Norwalk)、朊病毒(Prion)、禽流感病毒(Avian influenza)等，这些病毒曾经或仍在肆虐，造成了许多重大的疾病群发事件。1988年初，上海市区居民因食用被甲型肝炎病毒污染的毛蚶(Scapharca subcrenata)而导致甲型肝炎爆发流行，发病人数达30万;由朊病毒引起的疯牛病于1986年首先在英国被确认，迄今为止，全球共有100余人死于这一病症，据估计，西欧已有50万人被疯牛病病毒所感染;自H5