菌落总数在我国许多产品标准中有明确的限量规定，其中在GB 4789.2-2016《食品安全国家 标准食品微生物学检验菌落总数测定》（以下简称GB 4789.2）中就规定了食品中菌落总数的具体流程。
培养基温度对菌落总数计数结果的影响
细菌培养用琼脂的凝点通常为32~39℃。GB 4789.2中规定，平板技术琼脂培养基需冷却至46±1℃时才能用于倾注计数，该温度与其他国家标准的规定存在细微的差异，就比如美国FDABAM规定倾注时PCA琼脂温度为45±1℃。
在实际工作中，由于实验人员操作速度、培养基原料差异等因素影响，即使在水浴锅中冷却至46±1℃的培养基在具体实验过程中时常会出现部分凝固现象。因此，在具体检验工作中培养基温度的控制提供了较宽的安全范围（2022版培养基温度48±2℃）。
操作时间对菌落总数计数结果的影响
为了保证技术结果能准确反映样品的污染状态，GB 4789.2中指定使用的样品稀释液为不含糖源和氮源的磷酸盐缓冲液或生理盐水，通常认为细菌在这两种溶液中的数量短时间内不会发生显著性变化，而且在GB 4789.2未对从样品前处理到琼脂倾注完成的时间给出明确规定。
但是在食品样品中时常含有丰富的营养物质，当与磷酸盐缓冲液或生理盐水混合后会给微生物提供良好的生长环境。为防止菌落数在检验过程中发生显著性变化，美国FDABAM中规定从样品原始稀释到倾注过程应在15min内完成。
因此，也在提示GB 4789.2方法中应对从样品前处理到琼脂倾注成的时间给出明确规定，以防止因检验过程造成的菌落计数结果显著性差异。
倾注体积对菌落总数计数结果的影响
PCA培养基是菌落总数计数方法的关键要素，在不同标准中的使用体积存在明显差异。GB 4789.2中规定PCA培养基在每个直径为90mm的平皿中倾注体积为15～20mL，而美国FDABAM中规定PCA培养基的倾注体积为12～15mL/平皿。理论上，虽然PCA培养基使用量的增加会增加单位面积培养基的厚度，可对在培养过程中出现的蒸发现象起到良好的缓冲作用。
据实验研究显示12~20mL/平皿的培养基使用体积变化不会对测试菌种的计数结果产生显著性影响，这一结果为实验室培养基耗材的节省提供了良好的数据支持。
培养基品牌对菌落总数计数结果的影响
目前，我国GB 4789.28中针对PCA培养基评价用的参考物质为TSA培养基，与其相比，只要3个标准菌种的生长率大于70％即为符合要求，但是通过实验选用不同品牌的培养基计数结果间也出现了显著性差异。
但是在GB 4789系列标准中缺乏明确的质量要求，致使不同生产企业根据各自能力来选择、使用该类原料，导致培养基质量出现了一定差异。因此，我国急需研制规范的培养基参考物质和评价方法，对PCA培养基的质量进行规范。