食品的原料在加工过程中，经过高温工艺，基本达到商业无菌要求，但冷却包装时，若车间内空气卫生质量不佳、含有诸多微生物，这些微生物便易附在食品表面、再次污染食品，导致半成品的卫生质量不合格，从而导致食品的微生物含量超标。此时，如何全面地控制微生物的生长繁殖就成了食品生产管理工作中的重要任务。
食品安全是一个系统工程，除了有科学的工艺配方及添加有针对性的防腐保鲜剂外，利用灭菌技术、杀菌技术及消毒技术组合使用来严格控制好生产环境条件是最大限度地减少微生物含量和降低食品腐败的必选手段。
用较温和的理化因素仅杀死大部分病原微生物的过程，而不是杀灭全部微生物，杀菌率可以是50％，也可以是80％或者95％，可分为高程度消毒、中程度消毒、低程度消毒。消毒的作用为：
1、杀灭环境中的微生物，防止环境中的细菌二次污染食品而导致菌落超标；
2、杀灭易保存食品中的细菌，使剩余的细菌在保质期内不会大量繁殖而引发食品变质。
采用强烈的理化因素杀死物体表面及内部所有微生物（包括病原微生物和非病原微生物）繁殖体、霉菌、病毒及芽孢的过程，从而达到无菌的状态。这里的“无菌”一般是指商业无菌，即食品经过适度灭菌后，不含有致病性微生物，也不含有在通常温度下能在其中繁殖的非致病性微生物，物料中的微生物状况符合标准的规定，且在保质期内保证不会超标，不是真正意义上的无菌。
1．高效消毒法：能杀灭一切致病微生物，包括紫外线消毒、臭氧消毒、含氯消毒剂等，如：对车间空气进行紫外线消毒、臭氧消毒；氯气消毒水源、次氯酸钠消毒浸泡工作服等。
2．中效消毒法：能杀灭除芽孢外的致病微生物，包括巴氏消毒法、醇类、酚类、超声波等，如用75%酒精进行皮肤消毒、70-75℃下煮30min或80℃下煮15min，100℃煮沸5-6min等。
3．低效消毒法：能杀灭细菌繁殖体、亲脂病毒，包括单链季铵盐、双胍类、金属离子等，如用新洁尔灭进行皮肤消毒等。
1．物理法：热力、辐射、微波、等离子体，如灼烧灭菌、在160-170℃下加热1-2h的干热灭菌、100kpa及121℃下维持15-30min的高压蒸汽灭菌等。
2．化学法：”食品级的二氧化氯、烷化剂，如对车间空气进行甲醛熏蒸等。
从上述可知，消毒和灭菌都要求杀灭或去除食品生产过程中的微生物，只是杀灭或去除的目标微生物和程度不同，即消毒处理不一定都能达到灭菌要求，而灭菌一定可达到消毒的目的。两种工艺的选择主要根据：