企业实验室可根据生产的产品品种、检测项目的多少和生产规模的大小设置，实验室仪器设备的配置也可繁、可简。对于这样的实验室，仪器设备的配置能满足企业产品品质检测就行了。
食品检验可分为两大项，一是检测产品的品质项目；二是检测产品的卫生项目，这一类项目的检测相对难度大、投资高。
（1）品质项目包括：水分、含盐量、含糖量、蛋白含量、脂肪含量、纤维含量、维生素含量、酸度等。对于这些项目的检测，如果经费有限，都可以采用化学法分析，只需配置最简单的烘箱、水浴、电炉、搅拌器、粉碎机、pH计等设备即可。如果经费充足或检验批次较多，对应的检测项目都有对应的专用仪器可供选购。此外，也有一些通用的仪器可供选购，如：紫外/可见分光光度计、近红外分析仪、自动滴定仪等。检测维生素A、E等有时还需配置荧光光度计。检测营养元素，如钙、锌、铁等，可购置原子吸收仪-火焰检测器。
（2）卫生项目包括：微生物、添加剂、有害元素、农药残留、兽药残留、毒素等。对于一般食品企业，微生物检测实验室应该建。
建微生物实验室要按照生物实验室规范标准要求进行布局。必要的设备有洁净台、培养箱、高压灭菌锅、电炉等，其它设备则根据具体检测项目配置。经费少可以买国产的，经费多可以考虑买进口的，两者的价钱相差很多。
有一部分项目可以用化学法，如亚硝酸盐、二氧化硫、重金属含量、总砷等。但要想满足现在国标的食品卫生要求，应该购置气相色谱-氢火焰检测器、液相色谱-紫外/可见光检测器，这样一般的防腐剂（苯甲酸、山梨酸等）、甜味剂（甜蜜素、糖精钠等）、色素（柠檬黄、胭脂红等）都可以检测了。购置原子吸收仪-石墨炉检测器，可以分别检测铅、铬、镉、铜、镍等有害元素，还需要一台原子荧光仪，用来检测砷和汞等。
c）残留农药
检测残留农药气相色谱是不能少的。检测有机氯农药，需配电子俘获ECD检测器；检测有机磷农药，需配火焰光度FPD检测器或氮磷NPD检测器。现在农残检测的项目越来越多，为提高通用性，建议配置毛细管柱分流/不分流进样口，安装毛细管色谱柱。与传统填充柱色谱柱相比，毛细管柱分析项目多，分离度好，可以减少频繁的更换色谱柱，提高分析效率。出口食品加工企业生产的产品在出口时需检测的农残项目越来越多，为了把好生产原料和产品质量关，可以配置气相色谱-质谱仪。一般只需配置电子轰击EI源，如果有必要可再配一个负化学NCI源。是选择四极质谱还是离子阱质谱，两种仪器各有优缺点，还是要看具体工作。
若进行残留兽药的检测，项目不多且批次多，可以考虑配置酶联免疫仪，该仪器一次投入不大，操作简便，检测灵敏度高。采用ELISA也有一些缺点，一是试剂盒为长期的消耗品，若检测的批次少成本会较高，二是特异性不好，可能会有假阳性，三是如果在相对长的一段时间内检测项目较多，成本甚至比仪器分析还高。对于有一定规模的出口食品企业，为适应当前欧盟、美国、日本等发达国家检测限量要求，最好配置一台液相色谱-串联质谱仪。第一台仪器建议配置三重四极质谱仪，灵敏度高、重现性好。仪器不一定要追求高配置，够用就行，但灵敏度、稳定性、抗污染等性能要好。最好买用户较多的型号，有一个与自己检测项目相近的用户群，首先说明该型号仪器检测拟检的项目没有问题，其次也便于今后技术交流。
水分、含盐量、含糖量、蛋白含量、脂肪含量、纤维含量、维生素含量、酸度等
化学法分析，只需配置最简单的烘箱、水浴、电炉、搅拌器、粉碎机、pH计等设备
通用仪器如：紫外/可见分光光度计、近红外分析仪、自动滴定仪等
根据对应的检测项目配置专用仪器
营养元素，如钙、锌、铁等
原子吸收仪-火焰检测器
按照生物实验室规范标准要求进行布局。必要的设备有洁净台、培养箱、高压灭菌锅、电炉等，其它设备则根据具体检测项目配置。简单配置为国产
亚硝酸盐、二氧化硫、重金属含量、总砷等
国际卫生标准：防腐剂（苯甲酸、山梨酸等）、甜味剂（甜蜜素、糖精钠等）、色素（柠檬黄、胭脂红等）
气相色谱-氢火焰检测器、液相色谱-紫外/可见光检测器
铅、铬、镉、铜、镍等有害元素
原子吸收仪-石墨炉检测器
气相色谱，毛细管柱分流/不分流进样口，安装毛细管色谱柱
气相色谱-质谱仪（四极杆、离子阱均可），EI够用，可选配NCI
火焰光度检测器FPD或氮磷检测器NPD
酶联免疫仪ELISA，注：项目特别多时比用仪器成本高
有一定规模的出口食品企业
三重四极杆液相色谱-串联质谱仪
根据使用的标准或客户要求，配置相应的检测仪器和设备，均可参考食品企业实验室的品质项目，可用化学法或仪器法，另外如下：
根据对应的检测项目配置专用仪器：
水分测定仪、凯氏定氮仪、快速脂肪测定仪、糖度计、粘度计、脂肪酸分析仪等
氨基酸分析仪等专用仪器
均可参考食品企业实验室卫生项目，另外如下：